顿河哥萨克首领斯捷潘·拉辛率领哥萨克骑兵，又在南方开始了反对沙皇的。拉辛此前以骁勇善战而闻名，曾率领哥萨克骑兵，长途奔袭击波斯和俄罗斯里海沿岸的城市。1670年，拉辛带领骑兵向伏尔加河流域进发，先后攻克察里津（今伏尔加格勒）、阿斯特拉罕、萨拉托夫、萨马拉等数座重镇，并征集了有鞑靼人、莫尔多瓦人、楚瓦什人参加的庞大的哥萨克骑兵队伍。沙皇阿列克谢派兵前去征剿，在辛比尔斯克（今乌里扬诺夫斯克）附近战役中，拉辛被击败，逃回南方草原。次年拉辛被哥萨克酋长捕获，解押到莫斯科，同年6月6日被砍头。
沙皇阿列克谢执政期间，采取了一系列措施巩固中央集权，颁布了1649年法典。在当时这是一部相当完备的法典，共分25章967条，对当时俄罗斯社会生活中的各种现象的处理办法做出明确的规定。这部法典广为流传，一年的时间里曾三次重版，在俄罗斯各地的发行数量达到了1173份，这在当时是一个比较庞大的数字了。
此外阿列克谢还着手完善了政府机构，组建了秘密衙门、粮食衙门、雇佣骑兵衙门等政府部门，组建了统计署，在俄罗斯各地建立了完善的税收体制。阿列克谢执政期间，俄罗斯还建立了第一所学校，第一个慈善机构，第一个孤儿院等社会机构。 ‘
1650年发生了和的起义。在这种情况下，1649年召开的全俄缙绅会议批准了新的法典（《会议法典》）。根据这部法典，追捕逃亡农奴的期限为无限期。贵族和修道院所有的享有免税待遇的村落也被征收赋税。
他统治时期的军事学术的特点是：制定交战总计划；将攻城军事工程措施与步兵、炮兵行动相结合；总结和利用国内外的战术成果。《步兵战斗队形的训练和变换》（莫斯科1647年版）条令的译本就反映了西欧各国军队的战术。他非常注意发展军队，使之逐步成为正规军队。减少地方贵族民团，建立常备的“新制”团。根据全国总征集法，这些团队由农民和城市工商业者编成，占武装力量的绝大部分（6万多人）。这样便为在边境地区建立军区（“衙门”）创造了条件。军区的首脑为督军，在军区范围内行使军政大权，中央军事指挥权集中于若干个衙门（军务衙门、射击兵衙门、炮兵衙门等）。在位期间曾加紧发展生产武器和弹药的作坊，使团队得以装备统—的火枪。此外，还试图建造首批军用舰只。
沙皇阿列克谢曾两度大婚，第一个妻子是来自名门世家的米洛斯拉夫斯基家族的玛丽娅，生有十三个子女，长女、长子费多尔三世、次子；第二个妻子是纳塔丽娅·纳雷什金娜，生有生下等三个孩子。
1676年1月29日，阿列克谢病逝于莫斯科。当天朝中大臣向皇子费奥尔多宣誓效忠，并拥戴他成为罗曼诺夫王朝的第三个沙皇。