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教会改革 就在这一年，一位来自阿尔汉格尔斯克附近科热奥泽尔斯基修道院的院长尼孔来到莫斯科。按照当时的习俗，各地刚刚就任的修道院的院长要首先进京觐见沙皇，尼孔神父就是为此前来莫斯科的。在觐见沙皇时，尼孔神父给年轻的沙皇阿列克谢留下了良好印象，沙皇提出尼孔神父可以留在莫斯科。此后大牧首约瑟夫根据沙皇的意思，委派尼孔神父担任新斯帕斯基修道院大修士司祭。 在莫斯科，尼孔神父加入了一个由大贵族和神职人员组成的集团，他们主张统一各地教会宗教法事的章程，加强对民众的宗教教育，主张严格的宗教生活，并翻译了大量的宗教书籍。
沙皇阿列克谢是个虔诚的东正教徒，严格按照东正教的教规安排自己的饮食起居和处理日常政务。尼孔神父获得了沙皇的信任，按照沙皇的命令，他每个星期五都去克里姆林宫和沙皇讨论问题，起初只是宗教问题，后来尼孔神父逐渐开始和沙皇讨论国政。 1652年4月，莫斯科及全俄东正教大牧首约瑟夫病逝。教会的领导人和朝中贵族们揣测沙皇的心思，一致推举尼孔神父出任大牧首。 尼孔神父就任东正教大牧首后，开始着手推行教会改革。改革的主要方向就是把莫斯科教廷东正教的各种典章制度按照拜占庭方式加以改革，统一各地教会宗教活动。大牧首尼孔的改革活动在大贵族和教会中间引发了恐慌，因为此前人们一致认为莫斯科就是第三个罗马，是的继承人，但高于拜占庭，现在要把莫斯科教廷的宗教礼仪按照拜占庭方式改革，是不能被接受的。尼孔还提出，俄罗斯沙皇应该成为整个东正教世界的统治者，而俄罗斯的首都应该定于康斯坦丁堡，莫斯科及全俄东正教大牧首相应地应该成为整个东正教世界的精神领袖。尼孔的这个想法得到了沙皇的支持。
在1654年俄罗斯-波兰战争爆发后，沙皇阿列克谢率兵亲征，在此期间大牧首尼孔成为实际上的政府首脑。尼孔推行的改革措施引发了莫斯科贵族和教会的不满，进一步造成了东正教会分裂。最终拒绝尼孔公改革的旧礼仪派从莫斯科东正教会中分裂出去。大牧首尼孔对旧礼仪派开始大规模的迫害，审判并处死了旧礼仪派的领袖，但旧礼仪派的信徒们还是没有服从尼孔，他们为躲避迫害，从莫斯科逃亡各地。
此后，大牧首尼孔提出神权应该高于世俗权利，这实际上就是表明教会的权力要高于君权。沙皇阿列克谢明确提出反对，并逐渐冷淡了同大牧首尼孔的关系。自1660年开始，莫斯科教会开始了对尼孔的审判。审判前后共持续了6年，最终剥夺了尼孔的大牧首职位并将其流放到一座偏远的修道院。1681年，尼孔神父病逝于返回复活修道院的途中。